生物晶片檢測

technology research and development

Gene expression

使用平台 | Human HT12
HT12晶片提供47,231個探針(probe)來進行人體基因表現(Human gene expression)之偵測。此晶片一次可進行12個樣品的實驗,其探針之設計為根據Human RefSeq 38,Human RefSeq 38為NCBI(National Center for Biotechnology Information)之資料庫,而NCBI所提供的資料庫為全世界研究學者所認可,因此HT12晶片所設計的探針是廣為被接受的。
實驗原理
生物資訊分析項目 Basic analysis(基本分析)
  • Expression profile Normalization
  • Differentially expressed genes identification (根據客戶提供sample比較的資訊)
  • Sample clustering by gene expression profile (clustering方法為hierarchical clustering)

    Advance analysis (進階分析)
  • Gene Ontology and pathway analysis according to differentially expressed genes
  • Customized analysis based on customers’ requirements
  • 實驗與分析流程
    樣品需求 【樣品種類】RNA
    【濃度】80~120 ng/ul
    【總量】1ug
    【品質】
  • A260/280 >1.8
  • A260/230 >1.5
  • 28S/18S>1
  • RIN >7
  • Methylation

    使用平台 | HumanMethylation 450K
    HumanMethylation450K晶片提供超過450,000個探針(probe)來進行DNA甲基化(human methylation)之偵測。此晶片一次可進行12個樣品的實驗,為目前進行表觀遺傳學(Epigenetics)研究最多人選用之平台,也是目前提供最多探針之晶片。
    實驗原理
    生物資訊分析項目 Basic analysis(基本分析)
  • Methylation profile Normalization by Illumina GenomeStudio
  • Differentially methylated probe set identification (根據客戶提供sample比較的資訊)
  • Sample clustering by methylation profile (clustering方法為hierarchical clustering)

    Advance analysis (進階分析)
  • SSN+BMIQ normalization
  • M-value calculation
  • Differentially methylated probe set and gene set identification (根據客戶提供sample比較的資訊)
  • Gene Ontology and pathway analysis according to differentially methylated genes
  • Customized analysis based on customers’ requirements
  • 實驗與分析流程
    樣品需求 【樣品種類】DNA
    【濃度】40~60 ng/ul
    【總量】>2ug
    【品質】
  • A260/280 >1.8
  • A260/230 >1.0
    【樣品種類】BS-DNA
    【濃度】>10 ng/ul
    【總量】>10 ng/ul
  • Genotyping

    使用平台 | Omni Array family: Omni 2.5 , Omni 5 and Omni Express
    Omni Array family: Omni 2.5 , Omni 5 and Omni Express
    Omni Array 系列 提供最佳且最廣泛的基因型探針,可偵測通用(commom)及較罕見(rare)的基因型。Omni 2.5和Omni 5晶片的差異主要在於探針(probe)的數量以及每片晶片所能進行的樣品數目。Omni 2.5的探針數為250萬,而Omni 5的探針數為500萬。Omni 2.5每片晶片可進行的sample數量為8個,而Omni 5每片晶片可進行的sample數量為4個。

    HumanCore系列提供以較低的價格的提供數十萬點基因型偵測,針對許多研究單位研究之SNP設計探針(probe),而HumanCoreExome則是將目標探針設計於exome上,此兩種晶片每次進行的樣品數量為24個。

    如客戶想選擇適合研究的晶片,可告知我們欲偵測的基因或其基因點位,我們將為您挑選最適合的平台。


    生物資訊分析項目 Basic analysis(基本分析)
  • Genotyping 結果報告
  • Allele frequency 結果報告

    Advance analysis (進階分析)
  • Risk calculation for SNP (根據客戶提供sample的內容)
  • Haplotype 分析 (根據客戶提供sample的內容)
  • Customized analysis based on customers’ requirements
  • 實驗與分析流程
    樣品需求 【樣品種類】DNA
    【濃度】40~60 ng/ul
    【總量】>1ug
    【品質】
  • A260/280 >1.8~2.2
  • A260/230 >1.0