定序分析

technology research and development

Genome sequencing

使用平台 | NextSeq, MiSeq
Genome sequencing分為兩種,一種為de novo sequencing,另一種為re-sequencing。De novo sequencing 是針對沒有參考基因序列(reference genomic sequence)的物種來進行定序,目的在於定出物種的基因體序列,並對該物種做註解(annotation) ,包括gene prediction, protein prediction等等。Re-sequencing則是針對已知基因體序列的物種來進行定序,目的是偵測re-sequencing的樣本和已知物種基因體之間的差異,並可藉由差異來探討多型性對生物體或環境的影響。
生物資訊分析項目 De novo sequencing
  • Quality filter for sequencing data
  • Genome assembly
  • Gene prediction and annotation
  • Customized analysis based on customers’ requirements

    Re-sequencing
  • Quality filter for sequencing data
  • Variants identification (比對客戶所提供的reference genome)
  • Variant annotation
  • Customized analysis based on customers’ requirements
  • 實驗與分析流程 de novo re-sequencing
    樣品需求 【樣品種類】gDNA
    【濃度】50~100 ng/μl
    【總量】2μg
    【品質】
  • A260/280 >1.8
  • A260/230 >1.5
  • Target region sequencing/Amplicon sequencing

    使用平台 | NextSeq, MiSeq
    arget region sequencing目的在於定序出特定區域的序列並找出基因變異(variants),比方說人體的exon region、特定的基因(gene)等等。相較於全基因體定序,此方法可節省實驗成本,為目前研究學者常用的方法。Illumina亦提供TruSight Tumor Sequencing Panel 和TruSight Cancer Sequencing Panel等平台,這兩個平台著重於在癌症相關之基因。
    Amplicon sequencing目的為定序出特定片段擴增子 (amplicons)。擴增子 (amplicons)為PCR產物,通常由客戶自行準備或提供primer。(分析時需要有客戶提供參考基因序列)

    生物資訊分析項目 Quality filter for sequencing data
    Variants identification
    Variants annotation
    Customized analysis based on customers’ requirements
    實驗與分析流程
    樣品需求 【樣品種類】gDNA
    【濃度】50~100 ng/μl
    【總量】1ug
    【品質】
  • A260/280 >1.8
  • A260/230 >1.5

    【樣品種類】PCR product
    【濃度】30~60 ng/μl
    【總量】1.5ug
    【品質】
  • A260/280 >1.8
  • A260/230 >0.5
  • RNA sequencing

    使用平台 | NextSeq, MiSeq
    RNA sequencing 目的為測定mRNA之表現量以及尋找新的異構體(isoforms)。相較於用microarray(晶片)的方式,RNA sequencing不需要預先設計特異性探針,其範圍可以檢測到新的轉錄物、基因融合、單核苷酸變異、插入缺失等等。
    此外,RNA sequencing不受限於晶片之螢光強度,能提供更廣泛的動態範圍。RNA sequencing亦可透過增加定序量檢測來偵測弱表現的基因。
    生物資訊分析項目 Basic analysis(基本分析)
  • Quality filter for sequencing data
  • RNA and gene expression calculation (FPKM)
  • New isoforms identification
  • Differentially expressed genes and RNA identification (根據客戶提供sample比較的資訊)

    Advance analysis (進階分析)
  • Gene Ontology and pathway analysis according to differentially expressed genes
  • Customized analysis based on customers’ requirements
  • 實驗與分析流程
    樣品需求 【樣品種類】Total RNA
    【濃度】50~100 ng/ul
    【總量】2ug
    【品質】
  • A260/280 >1.8
  • A260/230 >1.5
  • RIN(RQI) >8
  • small RNA sequencing

    使用平台 | small RNA sequencing
    Small RNA sequencing 目的為偵測small RNA的表現量以及找未知的small RNA。相較於miRNA晶片,Small RNA sequencing不受限於晶片之螢光強度,能提供更廣泛的動態範圍,亦不需要預先設計特異性探針,可將定序結果比對資料庫(miRBase)。除此之外,可透過進行預測是否可能為新的miRNA、預測其目標基因等等分析。
    生物資訊分析項目 Basic analysis(基本分析)
  • Quality filter for sequencing data
  • miRNA expression calculation
  • Differentially expressed miRNA identification (根據客戶提供sample比較的資訊)

    Advance analysis (進階分析)
  • New miRNAs identification
  • miRNA target gene prediction
  • Gene Ontology and pathway analysis according to miRNA target genes (differentially expressed miRNA)
  • Customized analysis based on customers’ requirements
  • 實驗與分析流程
    樣品需求 【樣品種類】Total RNA
    【濃度】200~400 ng/ul
    【總量】3ug
    【品質】
  • A260/280 >1.8
  • A260/230 >1.5
  • RIN(RQI) >8
  • immune repertoire

    使用平台 | NextSeq, MiSeq
    Immune repertoire目的為定出CDR3序列以及其表現量。研究CDR3在於immunology非常有幫助, 透過CDR3的序列可應用臨床診斷的標記(marker),也可應用於製藥上。
    實驗原理 其實驗設計原理請見:http://www.irepertoire.com/#!technology/c1ycl
    生物資訊分析項目 Basic analysis(基本分析)
  • Quality filter for sequencing data
  • CDR3 identification
  • Differentially expressed CDR3 identification (根據客戶提供sample比較的資訊)

    Advance analysis (進階分析)
  • CDR3 clustering
  • TRBV and TRBJ analysis (VJ comparison)
  • Customized analysis based on customers’ requirements
  • 實驗與分析流程
    樣品需求 【樣品種類】Total RNA
    【濃度】100~200 ng/ul
    【總量】1.5ug
    【品質】
  • A260/280 >1.8
  • A260/230 >1.5
  • Metagenomics DNA shotgun sequencing

    使用平台 | NextSeq, MiSeq
    Metagenomics DNA shotgun sequencing目的為定出樣品裡微生物的基因體(總體菌群),並進一步定出樣品裡有哪些基因 (gene),用於推估樣品裡微生物細菌所扮演的功能。
    生物資訊分析項目 Basic analysis(基本分析)
  • Quality filter for sequencing data
  • Contig assembly
  • Gene prediction and annotation
  • Functional annotation (pathway)
  • Customized analysis based on customers’ requirements
  • 實驗與分析流程
    樣品需求 【樣品種類】gDNA
    【濃度】50~100 ng/ul
    【總量】1ug
    【品質】
  • A260/280 >1.8
  • A260/230 >1.5
  • Metagenomics RNA sequencing

    使用平台 | NextSeq, MiSeq
    Metagenomics RNA sequencing目的為定出樣品裡微生物的mRNA,並進一步根據定出的mRNA進行分析,用於推估樣品裡微生物所扮演的功能。另外,透過比較樣品之間RNA 基因表現的差異,更能了解微生物調控的方式。
    生物資訊分析項目 Basic analysis(基本分析)
  • Quality filter for sequencing data
  • transcripts assembly and expression calculation
  • transcripts annotation
  • Functional annotation (pathway)
  • Customized analysis based on customers’ requirements
  • 實驗與分析流程
    樣品需求 【樣品種類】Total RNA
    【濃度】50~100 ng/ul
    【總量】1ug
    【品質】
  • A260/280 >1.8
  • A260/230 >1.5
  • Metagenomics 16S sequencing (bacteria)

    使用平台 | NextSeq, MiSeq
    Metagenomics 16S sequencing目的在於透過定序細菌16S片段來進行樣品中細菌組成之鑑定。此方法為相較於用DNA shotgun的方式來研究細菌組成更為便宜,是目前最常被使用的方法。
    生物資訊分析項目 Basic analysis(基本分析)
  • Quality filter for sequencing data
  • Taxonomy identification
  • Taxonomy profile (graphic view and text file)

    Advance analysis (進階分析)
  • Sample unsupervised classification
  • Supervised PCoA (需要客戶提供sample資訊) or unsupervised PCoA
  • Alpha and Beta diversity calculation
  • Significant bacteria identification (需要客戶提供sample資訊)
  • Pathogene screening
  • Profiling Oxygen level and Grams staining bacteria for each sample
  • Customized analysis based on customers’ requirements
  • 實驗與分析流程
    樣品需求 【樣品種類】gDNA
    【濃度】50~100 ng/ul
    【總量】1ug
    【品質】
  • A260/280 >1.8
  • A260/230 >1.5
  • Metagenomics ITS sequencing (fungi)

    使用平台 | NextSeq, MiSeq
    Metagenomics ITS sequencing目的在於透過定序真菌ITS片段來進行樣品真菌組成之鑑定。此方法為相較於用DNA shotgun的方式來研究真菌組成更為便宜,是目前最常被使用的方法。
    生物資訊分析項目 Basic analysis(基本分析)
  • Quality filter for sequencing data
  • Taxonomy identification
  • Taxonomy profile (graphic view and text file)

    Advance analysis (進階分析)
  • Sample unsupervised classification
  • Supervised PCoA (需要客戶提供sample資訊) or unsupervised PCoA
  • Alpha and Beta diversity calculation
  • Significant fungi identification (需要客戶提供sample資訊)
  • Customized analysis based on customers’ requirements
  • 實驗與分析流程
    樣品需求 【樣品種類】gDNA
    【濃度】50~100 ng/ul
    【總量】1ug
    【品質】
  • A260/280 >1.8
  • A260/230 >1.5